1878年になると、郡区町村編制法によって大きな人口密集地に区が置かれた。1889年4月には、区に替わって市（市制）が置かれたが、県庁所在地全てが「市」とはなっていない。しかし、県庁所在地ではそれぞれ人口が増え、次々と市となっていった。特例となっていた那覇区（1896年～1921年）、札幌区（1899年～1922年）がそれぞれ市となり、1929年4月10日に山口市が市制を敷いて、全ての道府県庁所在地が市となったが、1943年7月1日に東京市が都制の下に解消されたため、現在も「都道府県庁所在市」とは言えない状況にある。ただし現在、「県庁所在市」という言葉を使用する例が見られる。

都道府県庁所在地には、各々の都道府県の行政機関や国の出先機関などが集中して行政の中心地となる一方、都道府県議会が置かれて地方自治の中心地となっている。経済政策の比重が増した戦後、特に高度経済成長期には第三次産業の労働力として郡部から都市部に人口が移動（都市化）し、工業が発展した都市には更に第二次産業労働力が集中して、都道府県庁所在地の人口は急増した。人口増に応じて経済・文化・交通・学術研究などの中心地にもなり、都市としての風格が出てきたため、県庁所在地を県都、道庁所在地を道都と呼ぶ例も見られるようになった。

「都」も「府」も同じ「みやこ」という意味なので、都庁所在地や府庁所在地をして「都都」「府都」などとは言わない。例えば、「京都府」の名称は、「京」「都」「府」の三字が、全て「みやこ」を意味する。